W strukturze JPK ŚT KR podatnicy mają zaprezentować składniki majątku uznane za środki trwałe, w tym prawo wieczystego użytkowania gruntów. Prawa użytkowania wieczystego gruntów u użytkowników wieczystych w przypadku zakwalifikowania ich do pozycji środki trwałe – nieruchomości wycenia się na moment początkowego ujęcia według ceny nabycia zgodnie z art. 31 ust. 1 oraz art. 28 ust. 8 ustawy o rachunkowości.

Od wartości początkowej prawa wieczystego użytkowania gruntu jednostka może dokonywać odpisów amortyzacyjnych jedynie dla celów bilansowych. Dla celów podatku dochodowego prawo użytkowania wieczystego gruntu nie podlega amortyzacji (art. 16c ustawy CIT i art. 22c ustawy PIT). Wydatki na nabycie tego prawa zostaną ujęte w kosztach uzyskania przychodów dopiero w razie jego odpłatnego zbycia.

W nowej strukturze JPK ŚT KR podatnik nie będzie wypełniał kolumn obrazujących amortyzację podatkową, a jedynie te części, zaczynając od kolumny E21, wskazujące na amortyzację rachunkową prawa wieczystego użytkowania gruntu. Przy ustalaniu rocznej stawki amortyzacyjnej prawa wieczystego użytkowania gruntu jednostka powinna wziąć pod uwagę okres jego ekonomicznej użyteczności, np. 20 lat (roczna stawka 5%). Jednostka wypełnia wówczas kolumnę E25A, wskazując procentową stawkę amortyzacji rachunkowej.

Wartość gruntu objętego prawem wieczystego użytkowania powinna zostać wprowadzona do ewidencji pozabilansowej jednostronnym zapisem: „Obce środki trwałe” (w analityce: Grunty w użytkowaniu wieczystym). Konto to nie wymaga wprowadzenia znaczników bilansowych, wynikowych ani podatkowych do pliku JPK KR PD.

Pozyskanie gruntu może nastąpić także w drodze przekształcenia posiadanego przez jednostkę prawa użytkowania wieczystego w prawo własności gruntu. Cenę nabycia stanowi wtedy nieumorzona wartość początkowa prawa użytkowania wieczystego, powiększona o opłatę z tytułu przekształcenia prawa wieczystego użytkowania w prawo własności oraz wszelkie koszty (jak np. opłaty sądowe czy notarialne) związane z przekształceniem poniesione do dnia przyjęcia gruntu do użytkowania na podstawie prawa własności. 

Prawo własności gruntów, ujęte uprzednio jako środek trwały mający postać prawa wieczystego użytkowania gruntu, nadal uznaje się za środek trwały, ale stanowi ono inny obiekt inwentarzowy, co wymaga odpowiedniego przekwalifikowania w ewidencji analitycznej środków trwałych. Będzie to widoczne w kolumnie E32 w strukturze JPK ŚT KR.

Przy likwidacji prawa wieczystego użytkowania należy podać przyczynę w kolumnie E29, najczęściej wybierając S, czyli sprzedaż. W konsekwencji należy podać numer KSeF faktury obrazującej tę transakcje w polu E31.