Zmiana struktury udziałowej w przypadku estońskiego podatnika jest możliwa, ale po wejściu udziałowca innego niż osoba fizyczna preferencje podatkowe w podatku dochodowym przestają działać. W przypadku, w którym w 2025 roku udziałowiec spółki przeniósłby udziały w spółce do utworzonej przez siebie fundacji rodzinnej, spółka utraciłaby prawo do rozliczania się w reżimie estońskiego CIT z końcem 2024 roku.

Obowiązek zapłaty podatku od zysku wypracowanego w okresie opodatkowania estońskim CIT pojawia się dopiero w momencie podjęcia uchwały o wypłacie zysku do udziałowca. Bez wpływu na tę zasadę pozostanie fakt, że udziałowcem będzie wtedy fundacja rodzinna powołana przez udziałowca spółki, do której przeniesie on udziały w spółce.

Spółka będzie zobowiązana do zapłaty ryczałtu z tytułu zysku netto wypracowanego w okresie opodatkowania estońskim CIT i w tym okresie przeznaczonego na podstawie uchwały wspólników spółki na jej kapitał zapasowy dopiero z chwilą jego rozdysponowania zgodnie z zasadami określonymi w art. 28t ust. 1 pkt 2 ustawy o CIT. Oznacza to, że w sytuacji, w której osoba fizyczna będąca właścicielem udziałów w spółce podejmie decyzję o przeniesieniu tych udziałów do fundacji rodzinnej, nie spowoduje to automatycznie obowiązku opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek niewypłaconego zysku lat poprzednich.

W przypadku, gdy wspólnicy spółki zdecydują się na rozdysponowanie zysku netto wypracowanego w okresie opodatkowania CIT estońskim już po utracie prawa do tego opodatkowania, powinni zastosować stawkę, która obowiązywała w ostatnim roku opodatkowania ryczałtem. W celu określenia właściwej stawki ryczałtu należy wziąć pod uwagę przychody ze sprzedaży za rok poprzedzający ostatni rok opodatkowania ryczałtem. Stanowisko to potwierdza interpretacja Dyrektora KiS z 21 sierpnia 2024 roku, sygn. 0114-KDIP2-2.4010.298.2024.1.SJ.

Do każdej takiej transakcji związanej ze zmianą, skutkującą korzystniejszym opodatkowaniem czy też zwolnieniem z opodatkowania warto wystąpić o opinię zabezpieczającą do Szefa KAS. W opinii dokonywana jest ocena czy osiągnięcie korzyści podatkowych będzie głównym lub jednym z głównych celów realizacji czynności. Szef KAS bada pozostałe cele ekonomiczne, którymi kieruje się podmiot decydując się na wprowadzenie danego rozwiązania oraz czy te cele ekonomiczne mają większy wpływ na wybór czynności, czy też głównym lub jednym z głównych celów dokonania czynności będzie chęć osiągnięcia korzyści podatkowej.

Jeśli głównym celem wniesienia udziałów do fundacji jest ich szybka sprzedaż a nie utrzymywanie, to może być ta czynność podważona. Szef KAS może uznać ją za sztuczne wniesienie do fundacji udziałów spółek w celu ich dalszej sprzedaży powziętej co najmniej od kilku miesięcy przed założeniem fundacji, co pozwala na uniknięcie zapłaty daniny solidarnościowej, jak też uniknięcie zapłaty 19% podatku PIT, a w to miejsce opodatkowanie wypłat świadczeń z fundacji na jego rzecz beneficjentów korzystniejszym 15% podatkiem CIT. Taką odmowę do wydania opinii zabezpieczającej uzyskał podatnik od Szefa KAS 17 kwietnia 2025r., sygn. DKP1.8082.6.2024. Trzeba więc w przypadku wnoszenia udziałów do fundacji rodzinnej myśleć długofalowo o utrzymaniu ich jako majątku fundacji a nie ich szybkiego upłynnienia.