W związku z wejściem w życie przepisów o obowiązkowym Krajowym Systemie e-Faktur (KSeF), od 1 lutego 2026 roku (dla największych przedsiębiorców i PGK) faktury otrzymywane przez krajowych podatników od ich dostawców powinny być wystawiane w tej właśnie formie (tj. jako faktury ustrukturyzowane w formacie xml).

Jednak podatnicy nie mogą wykluczyć, że niektóre faktury – wbrew przepisom obowiązującym od 1 lutego 2026 r. – zostaną wystawione przez dostawców poza KSeF. Przykładowo, może się zdarzyć sytuacja, w której dostawca nie wystawi faktury jako faktury ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF, uznając, że nie posiada w Polsce siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej i nie jest w związku z tym objęty obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF na podstawie art. 106ga ustawy o VAT, a następnie okaże się, że dostawca ten posiada jednak stałe miejsce prowadzenia działalności gospodarczej i że jego faktura powinna była być wystawiona przy użyciu KSeF. Podobnie, nie można wykluczyć sytuacji, gdy dostawca nie wystawi faktury przy użyciu KSeF, powołując się na okoliczności takie jak awaria czy niedostępność KSeF, czy też inne przyczyny, a okaże się, że nie miały one w rzeczywistości miejsca.

Jednak takie sytuacje nie będą dla nabywców wywoływały negatywnych konsekwencji w zakresie braku prawa do odliczenia podatku VAT. Dyrektor KiS w interpretacji z 4 marca 2025 roku, sygn. 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA, stwierdził, że podatnikowi będzie przysługiwało prawo do odliczenia podatku VAT naliczonego wynikającego z faktur wystawionych przez dostawców, również w przypadku, gdy – wbrew obowiązkowi – faktura, z której będzie wynikał VAT naliczony, zostanie wystawiona bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur.

Ustawodawca przewidział faktycznie ujemne skutków niezastosowania się do ustanowionego w art. 106ga ust. 1 ustawy o VAT nakazu wystawiania faktur przy użyciu KSeF. Dotyczą one jednak podatnika, na którego nałożony został obowiązek wystawienia faktury przy użyciu KSeF. Zgodnie z art. 106ni ust. 1 ustawy o VAT w sytuacji niewystawienia (mimo obowiązku) faktury przy użyciu KSeF, na sprzedawcę jako podatnika może być nałożona kara pieniężna. Nabywca nie ma dodatkowych sankcji w tym zakresie.

Zgodnie z art. 106gb ust. 5 ustawy VAT, wystawiając fakturę poza KSeF kontrahentowi, który nie jest zobligowany do korzystania z Krajowego Systemu e-Faktur, wystawca faktury jest obowiązany do oznaczenia takiej faktury (wizualizacji) kodem umożliwiającym dostęp do tej faktury w Krajowym Systemie e-Faktur oraz umożliwiającym weryfikację danych zawartych na tej fakturze.

Dyrektor KiS w interpretacjach (m.in. z 1 czerwca 2024 r., sygn. 0112-KDIL1-3.4012.126.2024.1.KK) wskazuje, że prawidłowe opatrzenie zwizualizowanej faktury kodem weryfikującym stanowi potwierdzenie, że wystawca faktury dopełnił obowiązku uwierzytelnienia w KSeF, co daje gwarancje dla nabywcy w zakresie tożsamości dokumentu po wprowadzeniu do KSeF. W kontekście wizualizacji faktury ustrukturyzowanej istotne jest, aby informacje zawarte w wizualizacji nie zaburzyły w jakimkolwiek stopniu czytelności dokumentu.