Wybierając rozliczenie podatku według zasady estońskiego CIT, podatnicy muszą dokładnie sprawdzić, czy nie podlegają wyłączeniom ustawowym, takim jak przykładowo prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej. Nie można łączyć ze sobą tych dwóch podatkowych preferencji. Jednak nie jest wykluczone powiązanie ze strefą poprzez posiadane nieruchomości.

W art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy o podatku dochodowym od osób prawnych ustawodawca wskazał, że opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek nie może mieć zastosowania przez podatników osiągających dochody, o których mowa w art. 17 ust. 1 pkt 34 i 34a ustawy CIT (dochody z działalności prowadzonej na terenie SSE czy dochody zwolnione z tytułu działalności PSI).

Wyłączeniu podlega również podatnik, który posiadając zezwolenie lub decyzję na działalność gospodarczą nie zaczął jeszcze osiągać z niej przychodów. Podatnicy tacy podlegają pod reżim stosowania art. 17 ust. 1 pkt 34 lub 34a ustawy o CIT. Oznacza to, że podatnicy osiągający aktualnie dochody zwolnione na podstawie decyzji o wsparciu lub zezwolenia na prowadzenie działalności w SSE – bez względu na to czy w całości, czy w części – są wyłączone z możliwości opodatkowania ryczałtem. Po wyczerpaniu limitu pomocy publicznej albo po uchyleniu lub wygaśnięciu decyzji (zezwolenia) podatnik spełniający warunki określone w przepisach o ryczałcie może wybrać tą formę opodatkowania.

Jeżeli spółka wystąpi z wnioskiem o wygaszenie decyzji o wsparciu i zostanie wydana decyzja o takim wygaszeniu, to decyzja o wsparciu przestanie obowiązywać. Dojdzie do sytuacji wygaśnięcia decyzji, a co za tym idzie, przestanie obowiązywać wyłączenie z art. 28k ust. 1 pkt 3 ustawy o CIT. Decyzja o wygaszeniu decyzji o wsparciu musi zostać więc wydana przez właściwy organ i otrzymana przez spółkę przed złożeniem zawiadomienia o wyborze opodatkowania ryczałtem od dochodów spółek oraz przystąpieniem przez nią do tzw. estońskiego CIT. Wskazuje na to interpretacja podatkowa Dyrektora KiS z 20 września 2024 r., nr 0114-KDIP2-1.4010.477.2024.1.KW.

Również spółka, która wykorzystała np. w 2024 r. całą pomoc publiczną objętą zezwoleniem, może wybrać na 2025 r. opodatkowanie ryczałtem od dochodów spółek, o ile spełnia pozostałe warunki narzucone przez ustawodawcę dla tego modelu opodatkowania.

Posiadanie nieruchomości na terenie specjalnej strefy ekonomicznej nie wyklucza prawa wyboru opodatkowania dochodów ryczałtem. Oczywiście pod warunkiem, że spółka nie będzie wykonywać działalności gospodarczej prowadzonej na terenie specjalnej strefy ekonomicznej na podstawie zezwolenia, o którym mowa w art. 16 ust. 1 ustawy z dnia 20 października 1994 r. o specjalnych strefach ekonomicznych (Dz.U. z 2023 r. poz. 1604), nie będzie o takie zezwolenie występować, a więc nie posiada takich planów i zamierzeń.

Spółka również nie może prowadzić działalności gospodarczej dotyczącej realizacji nowej inwestycji określonej w decyzji o wsparciu, o której mowa w ustawie z dnia 10 maja 2018 r. o wspieraniu nowych inwestycji (Dz.U. z 2023 r. poz. 74, 1688 i 2005). Nie będzie również występowała o taką decyzję w przyszłości. Stanowisko to potwierdza Dyrektor KiS w interpretacji z 2 kwietnia 2024 r., sygn. 0111-KDIB1-2.4010.54.2024.1.AK. A więc spółka może posiadać nieruchomość na terenie strefy, a na nieruchomości może realizować inwestycję – np. budowę obiektu produkcyjno-biurowego przeznaczonego do wynajmu na rzecz podmiotu trzeciego.