Podatnicy VAT, którzy realizują transakcje i wystawiają faktury swoim nabywcom nie zawsze mogą liczyć na terminową zapłatę. Jedną z przyczyn braku odpłatności jest kwestionowanie przez dłużnika kwoty z faktury jako zawyżonej albo uznanie tylko części transakcji za wykonaną. Uprawnienie dotyczące możliwości uwzględnienia w rozliczeniu podatkowym podatku naliczonego zawartego w fakturach otrzymanych od wystawcy jest ważne dla nabywcy. Ma wpływ na wysokość zobowiązania podatkowego lub kwotę nadwyżki podatku naliczonego nad należnym. Nie mogą jednak stanowić podstawy obniżenia podatku faktury, dokumentujące czynności, które faktycznie nie zostały dokonane.

Podstawę do dokonania odliczenia podatku naliczonego może stanowić wyłącznie faktura odzwierciedlająca faktyczne zdarzenie gospodarcze w aspekcie podmiotowym, przedmiotowym oraz ilościowym. A więc faktura musi potwierdzać, że w rzeczywistości doszło do dostawy towarów lub świadczenia usług pomiędzy konkretnymi podmiotami, w zakresie ściśle określonego towaru lub usługi oraz w zakresie ilości danego towaru lub usługi. Podatnik ma obowiązek zbadania rzetelności wystawionych i doręczonych jemu faktur. Prawo do odliczenia VAT nie powinno zostać zakwestionowane, jeżeli podatnik – przy zachowaniu należytej staranności – nie mógł wiedzieć, że transakcja ta służy oszustwu lub nadużyciu w zakresie VAT.

Niezgodność któregokolwiek z tych aspektów eliminuje możliwość odliczenia podatku naliczonego, zawartego w fakturze, która nie odzwierciedla rzeczywistego zdarzenia gospodarczego. Zatem w zakresie w jakim faktura nie odzwierciedla rzeczywistych zdarzeń gospodarczych, nie może stanowić podstawy do dokonania odliczenia podatku naliczonego wynikającego z takiej faktury. Stanowisko takie przedstawił m,in. Dyrektor KiS w interpretacji z dnia 31 października 2018 r., sygn. 0113-KDIPT1-2.4012.602.2018.2.KW.

Jeśli, podatnik po zawarciu ugody sądowej z kontrahentem otrzyma fakturę korygującą należność z faktury pierwotnej do kwoty objętej ugodą, to w konsekwencji może dokonać obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego wynikającą z ww. faktury korygującej – zgodnie z art. 86 ust. 13 w zw. z art. 86 ust. 19 ustawy VAT – poprzez korektę deklaracji podatkowej za okres, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego w ciągu 5 lat licząc od początku roku, w którym powstało prawo do obniżenia kwoty podatku należnego. Przy czym prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego nie powstaje z datą zawarcia ugody, lecz w rozliczeniu za okres, w którym w odniesieniu do nabytej usługi/towaru powstał obowiązek podatkowy, jednak nie wcześniej niż w okresie otrzymania faktury pierwotnej.

Podobnie, Dyrektor KiS w interpretacji z 19 czerwca 2023 r., nr 0114-KDIP4-1.4012.159.2023.2.DP stwierdził, że podatnik kwestionujący w procesie sądowym wykonanie usług przez kontrahenta ma prawo odliczyć VAT (na warunkach ustawowych) z wystawionych przez niego faktur dotyczących usług, które sąd uzna za wykonane. Dodatkowo uznał, że okoliczność, że spółka kwestionowała w trakcie procesu wykonanie usług, których dotyczyły faktury, a wystawca tych faktur nie był w stanie przedstawić jakichkolwiek dowodów potwierdzających, iż faktury te dotyczą usług faktycznie wykonanych, a także, że ich wartość jest zgodna z podaną na fakturach, nie będzie mieć wpływu na prawo do odliczenia podatku naliczonego – ale tylko z faktur dotyczących usług, które sąd uzna za wykonane i zasądzi kwotę do zapłaty.