Firmy przejmujące inne przedsiębiorstwa poprzez aport muszą uwzględniać czy korzystne podatkowo będzie przejęcie zobowiązań finansowych i związanych z nimi odsetek. Jeśli spółka w formie wkładu niepieniężnego nabyła przedsiębiorstwo, to również nabyła istniejące zobowiązania przypisane do tej zorganizowanej części przedsiębiorstwa. Jeżeli zobowiązania te spełniają określone w art. 15 ust. 1 ustawy CIT kryterium celowości, od dnia ich nabycia stanowią koszty uzyskania przychodów.

Jeśli wykorzystanie przejętych przez spółkę aktywów przynosi jej przychody, to również towarzyszące temu wydatki, w tym obejmujące obsługę przejętych zobowiązań, które pozwoliły na sfinansowanie tych aktywów, nie powinny być wykluczone z kosztów. Odsetki przejęte w ramach aportu oraz te należne za okresy po wniesieniu aportu mogą być zaliczone do kosztów uzyskania przychodów, o ile zostaną opłacone. Dla kwalifikacji prawnej danego kosztu istotne znaczenie ma cel, w jakim został poniesiony. Zgodnie z art. 16 ust. 1 pkt 11 ustawy CIT, nie uważa się za koszty uzyskania przychodów naliczonych, lecz niezapłaconych albo umorzonych odsetek od zobowiązań, w tym również od pożyczek (kredytów). A więc, odsetki naliczane od zobowiązań rozliczane są metodą kasową, czyli stają się kosztem podatkowym z chwilą ich zapłaty.

NSA w wyroku z 2 grudnia 2015 r. sygn. II FSK 2320/13 stwierdził, że błędne jest traktowanie przejętych zobowiązań jako związanych wyłącznie z wniesionym aportem i podwyższeniem kapitału zakładowego i w konsekwencji ich zakwalifikowanie zgodnie z art. 12 ust. 4 pkt 4 ustawy CIT. Wymienione wydatki od momentu wniesienia tego wkładu dotyczą już działalności podmiotu, do którego wspomniany wkład wniesiono i winny być oceniane jako czynnik wpływający na uzyskanie przychodów przez ten podmiot. Jeśli, wykorzystywanie przejętych aktywów przedsiębiorstw przynosi przejmującemu przychody, to wydatki towarzyszące temu od momentu wniesienia aportu (w tym również obsługa zobowiązań) nie mogą być wykluczone z kosztów podatkowych tylko dlatego, że zdarzenia gospodarcze miały miejsce jeszcze przed wniesieniem aportu.

Aport odsetek może wiązać się też z koniecznością poboru podatku u źródła w przypadku transakcji z podmiotem zagranicznym. Ustawa o CIT (art. 26 ust. 7) wskazuje, że wypłata odsetek (decyduje ona o obowiązku w zakresie podatku u źródła) to „wykonanie zobowiązania w jakiejkolwiek formie”. Od strony prawnej można twierdzić, że wniesienie wierzytelności w ramach aportu rzeczowego do spółki/dłużnika powoduje jej wygaśnięcie bez zapłaty (dłużnik i wierzyciel będą tym samym podmiotem). Wykładnia przepisów wymaga jednakowego potraktowania sytuacji, w której podatnik za wypłaconą faktycznie kwotę odsetek (po pobraniu przez płatnika podatku) zakupił udziały oraz sytuacji, w której podatnik korzystając z uproszczonego sposobu rozliczenia wzajemnych wierzytelności, co zapewnia instytucja konwersji długu na kapitał zakładowy osiąga ten sam efekt ekonomiczny. Należałoby zaopatrzyć się w certyfikat rezydencji zagranicznej strony aportu.

Nie należy również zapominać przy takich transakcjach aportowych pomiędzy podmiotami powiązanymi o rozpatrzeniu obowiązków stron w zakresie dokumentacji cen transferowych, jeśli wartość aportu przekroczy 2 mln zł. W przypadku gdy jedna ze stron aportu ma siedzibę poza terytorium kraju wymagane jest przygotowanie opracowania o rynkowości transakcji
(z jej uzasadnieniem gospodarczym) i wysłania do urzędu skarbowego formularza TPR.