Cofnięcie zezwolenia działalności podmiotu w strefie ekonomicznej ma co do zasady charakter sankcyjny. Jest ono konsekwencją niewywiązywania się przez przedsiębiorcę z warunków określonych w zezwoleniu, w szczególności w odniesieniu do wysokości wydatków inwestycyjnych, liczby utworzonych miejsc pracy czy ich utrzymania przez wskazany w zezwoleniu okres.

W art. 17 ust. 5 ustawy CIT ustawodawca określił skutki cofnięcia ww. zezwolenia, tj. podatnik traci prawo do zwolnienia i jest obowiązany do zapłaty podatku za cały okres korzystania ze zwolnienia podatkowego. Cofnięcie zezwolenia strefowego nie jest zdarzeniem, które skutkuje możliwością rozliczenia strat wygenerowanych w latach, w których ono obowiązywało. Prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej stanowi prowadzenie działalności gospodarczej na preferencyjnych warunkach, w szczególności poprzez korzystanie ze zwolnienia z podatku dochodowego od osób prawnych. Zarówno zezwolenie na prowadzenie działalności w specjalnej strefie ekonomicznej, jak i będące jego konsekwencją zwolnienie z opodatkowania, stanowią uprawnienia przedsiębiorcy.

W razie cofnięcia zezwolenia podatnik jest obowiązany do zapłaty podatku. Art. 17 ust. 6 ustawy CIT wyznacza termin jego zapłaty. Podatek niezapłacony wskutek korzystania z cofniętego zezwolenia nie jest zaległością podatkową do czasu upływu terminu jego płatności wyznaczonego przez art. 17 ust. 6 ustawy CIT. Powyższe przepisy zawierają szczególną (lex specialis) regulację w zakresie rozliczenia podatku CIT w razie cofnięcia zezwolenia. Nie przewiduje ona obowiązku zapłaty odsetek za zwłokę od podatku CIT za lata, w których podatnik uzyskiwał dochody zwolnione z CIT na podstawie art. 17 ust. 1 pkt 34 ustawy CIT.

W razie cofnięcia zezwolenia, na podstawie art. 17 ust. 5 i ust. 6 ustawy CIT, powstaje zobowiązanie podatkowe, nie zaległość podatkowa. Podatnik nie wykazuje w bieżącym zeznaniu ( np. za 2023 rok) zaległego dochodu tylko wykazuje w nim zgodnie z art. 17 ust. 5 podatek należny od dochodu wynikającego z cofniętego zezwolenia. W formularzu CIT-8 (33) służy do tego poz. 252 w części I oraz w CIT-8/S poz. 35 i 36 w części E.

Odrębną kwestią jest natomiast, wynikający z ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych, obowiązek zapłaty odsetek wyliczonych w decyzji naczelnika urzędu skarbowego, określającej kwotę pomocy publicznej podlegającej zwrotowi. W przypadku cofnięcia albo stwierdzenia wygaśnięcia zezwolenia, minister właściwy do spraw gospodarki przekazuje naczelnikowi urzędu skarbowego właściwemu dla przedsiębiorcy w sprawach podatku dochodowego kopię wydanej decyzji w terminie 14 dni, licząc od dnia, w którym decyzja ta stała się prawomocna. Zgodnie z art. 12b ust. 3 ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych: – w przypadku cofnięcia zezwolenia, naczelnik urzędu skarbowego, określa w drodze decyzji kwotę pomocy publicznej podlegającą zwrotowi.

Naliczanie kwoty ww. odsetek – podobnie jak określenie wysokości kwoty pomocy publicznej podlegającej zwrotowi – leży w tym przypadku w kompetencjach właściwego naczelnika urzędu skarbowego i następuje w drodze wydanej przez niego decyzji na podstawie przepisów ustawy o specjalnych strefach ekonomicznych (nie obowiązuje tu zasada samoobliczenia przez podatnika jak w podatku CIT).