Jedną z możliwych form przekształceń skutkujących zmianą zasad opodatkowania jest przekształcenie gospodarstwa rolnego w jednoosobową spółkę kapitałową (sp. z o.o.).
Zgodnie z przepisami ustawy Ordynacja podatkowa, takie przekształcenie wiąże się z ograniczoną sukcesją podatkową a także odpowiedzialnością solidarną właściciela gospodarstwa za zobowiązania powstałe do dnia przekształcenia.

Ustawodawca ograniczył sukcesję w takim przypadku tylko do sukcesji praw, która następuje z mocy ustawy, natomiast zobowiązania pozostają po stronie osoby fizycznej, a tym samym nie podlegają sukcesji podatkowej. W konsekwencji jednoosobowa spółka z ograniczoną odpowiedzialnością, powstała w wyniku określonego w przepisach prawa trybu przekształcenia działalności prowadzonej przez osobę fizyczną, staje się sukcesorem praw tej osoby w zakresie prawa podatkowego (obowiązki podatkowe pozostają nadal przy osobie fizycznej i nie przechodzą na spółkę).

Zarówno przepisy Kodeksu spółek handlowych jak i ustawy o podatku od czynności cywilnoprawnych, wskazują, że skutki podatkowe przekształcenia gospodarstwa rolnego w jednoosobową spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością powinny być rozpatrywane jak dla zawarcia umowy spółki. Przy przekształceniu działalności gospodarczej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością podstawą opodatkowania podatkiem od czynności cywilnoprawnych powinna być wartość kapitału zakładowego spółki przekształconej, niezależnie od wartości majątku przedsiębiorstwa przekształcanego, od której odlicza się kwotę i opłaty, o których mowa w art. 6 ust. 9 ustawy PCC (np. kwota wynagrodzenia notariusza, opłata sądowa).

Określając podstawę opodatkowania PCC przy przekształceniu w jednoosobową spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością należy wziąć pod uwagę wyłącznie wartość kapitału zakładowego wynikającą z umowy (aktu założycielskiego) tej spółki. Natomiast nadwyżka wartości bilansowej tego gospodarstwa ponad wartość nominalną wydanych udziałów, odniesiona na kapitał zapasowy tej spółki (tzw. agio), nie będzie podlegała opodatkowaniu podatkiem od czynności cywilnoprawnych. Stanowisko takie zaprezentował Dyrektor KiS w interpretacji z 21 lutego 2024 roku, sygn. 0111-KDIB2-3.4014.525.2023.1.ASZ.

Potwierdzone również zostało przez organy podatkowe, że przekształcenie gospodarstwa rolnego osoby fizycznej w jednoosobową spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie będzie podlegało opodatkowaniu podatkiem od towarów i usług. (Dyrektor KiS w interpretacji z 19 lutego 2024 roku, sygn. 0112-KDIL3.4012.720.2023.1.KFK). Jeśli przekształcenie zostanie przeprowadzone na podstawie art. 551 § 5 Kodeksu spółek handlowych, nie spowoduje likwidacji prowadzonej działalności gospodarczej, lecz jedynie zmianę formy, w jakiej ta działalność będzie dalej prowadzona. Zmiana formy prawnej prowadzonej działalności w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością, nie będzie stanowić ani odpłatnej dostawy towarów, ani odpłatnego świadczenia usług w rozumieniu art. 7 oraz art. 8 ustawy o podatku od towarów i usług.

A więc, przekształcenie gospodarstwa rolnego osoby fizycznej w spółkę z ograniczoną odpowiedzialnością nie będzie wymagało wystawienia faktury i rozliczenia w pliku JPK, gdyż nie będzie miało miejsca zdarzenie, które rodziłoby powstanie obowiązku podatkowego w podatku od towarów i usług.