Podatnicy, którzy nie wybrali jeszcze mechanizmu wysyłania do swoich kontrahentów faktur ustrukturyzowanych nadal przy wystawianych korektach faktur sprzedaży muszą dokonywać uzgodnień, aby we właściwym okresie ująć kwotę VAT z korekty faktury w JPK. Ujednolicenie zasad nastąpi dopiero od 1 lipca 2024 roku, kiedy wszyscy aktywni podatnicy VAT będą musieli stosować Krajowy System e-Faktur.

Przepisy ustawy o VAT nie wskazują formy uzgodnienia, ustawodawca pozostawił podatnikom swobodę w tym zakresie. Zmniejszenie podstawy opodatkowania i kwoty podatku należnego, wykazanych na fakturze korygującej „in minus” jest rozliczane za okres, w którym podatnik wystawił korektę, o ile z posiadanej przez niego dokumentacji wynika uzgodnienie z nabywcą oraz spełnienie warunków obniżenia podstawy opodatkowania dla dostawy towarów – art. 29a ust. 13 ustawy VAT. Jeśli podatnik nie posiada tej dokumentacji w okresie rozliczeniowym, w którym została wystawiona faktura korygująca, obniżenia podstawy opodatkowania dokonuje za okres rozliczeniowy, w którym dokumentację tę uzyskał. Zrezygnowano z uzyskania potwierdzenia otrzymania faktury korygującej przez nabywcę.

Z przepisu wynika, że dla powstania obowiązku pomniejszenia VAT naliczonego ważny jest nie sam moment otrzymania faktury korygującej, a moment uzgodnienia warunków obniżenia podstawy opodatkowania oraz moment spełnienia tych uzgodnionych warunków. Warunki uzgodnienia uzasadniające obniżenie podstawy opodatkowania i podatku należnego można zawrzeć przykładowo w:

• umowie określającej, w jakich sytuacjach nabywca uzyskuje prawo do odzyskania części wynagrodzenia,
• regulaminach realizacji sprzedaży lub ogólnych warunkach umowy,
• w trakcie trwania współpracy między stronami (w aneksach do umów, porozumieniach lub innych dokumentach),
• w korespondencji e-mailowej.

Niekiedy uzgodnienia mogą wynikać wprost z obowiązujących przepisów prawa regulujących elementy stosunku prawnego, w ramach, których dana transakcja jest wykonywana. Przykładowo ustawowe prawo odstąpienia od umowy – stanowiące element treści danej transakcji – w istocie stanowi uzgodnienia stron dotyczące odstąpienia od umowy jako przyczyny zmniejszenia podstawy opodatkowania (stanowisko zaprezentowane w wyroku WSA z 31 marca 2023 r., sygn. I SA/Po 928/22).

W związku z obligatoryjnym od 1 lipca 2024 r. fakturowaniem w Krajowym Systemie e-Faktur dostosowane zostały przepisy art. 86 ust. 19a ustawy o VAT w zakresie korekt zmniejszających wartość podatku naliczonego. Wprowadzenie obligatoryjnego stosowania faktur ustrukturyzowanych w znacznym stopniu ma usprawnić sposób rozliczania faktur korygujących. Nabywca będzie obowiązany do skorygowania podatku naliczonego »in minus« w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą w postaci ustrukturyzowanej. W związku z tym, że moment wystawienia faktury w KSeF jest, co do zasady, tożsamy z datą otrzymania takiej faktury przez nabywcę, możliwe jest odstąpienie od dotychczasowych zasad korekty. KSeF będzie zapewniać również bezpieczeństwo dostarczenia takiej faktury – nie ma ryzyka, że sprzedawca skoryguje VAT należny, podczas gdy nabywca w ogóle nie otrzyma informacji o korekcie.

Wprowadzone będą również odrębne zasady korekty VAT naliczonego in minus w przypadkach, gdy wystawiono faktury inne niż faktura ustrukturyzowana w KSeF. W przypadku gdy podatnik wystawi fakturę in minus inną niż faktura ustrukturyzowana – nabywca towaru lub usługi będzie obowiązany do zmniejszenia podatku naliczonego w rozliczeniu za okres, w którym otrzymał fakturę korygującą.