Większość przedsiębiorców, którzy dokonują obrotu z konsumentami przeszła już na system kas online. Dlatego też coraz częściej system przechowywania paragonów staje się elektroniczny i zautomatyzowany. Odchodzi się od przechowywania paragonów w wersji papierowej, które stają się po kilku miesiącach mało czytelne ze względu na niewidoczną treść i ścieralność ich treści. Coraz większą popularnością będzie też cieszyć się aplikacja E-paragon, którą konsument może wgrać na telefon komórkowy i tam przechowywać paragon zaczytany z kasy fiskalnej.
Nie ma ustawowych przeciwwskazań do przechowywania paragonów w formie elektronicznej, bez potrzeby przechowywania papierowych wydruków paragonów. Ustawodawca nie wskazał jednoznacznej formy przechowywania paragonów dokumentujących transakcje. Jednakże podatnik, dokonujący sprzedaży na rzecz osób fizycznych nieprowadzących działalności gospodarczej ewidencjonując sprzedaż za pomocą kasy rejestrującej z elektronicznym zapisem kopii, stosownie do regulacji zawartych w art. 111 ust. 3a pkt 8 ustawy oraz § 29 rozporządzenia w sprawie kas, ma obowiązek dokonania wydruku paragonów z dokonanej sprzedaży. W myśl § 29 rozporządzenia podatnik nie ma natomiast obowiązku drukowania kopii paragonów fiskalnych, które mają postać zapisu w pamięci chronionej kasy rejestrującej (Pismo Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej z dnia 11 października 2023 r., sygn. 0114-KDIP1-3.4012.387.2023.1.KP).
Podobnie w interpretacji indywidualnej z 19 maja 2022 r., znak 0114-KDIP1-3.4012.110.2022.2.PRM, Dyrektor KIS wskazał, że paragony zapisywane na elektronicznym nośniku danych przechowywane będą w sposób zapewniający do nich dostęp oraz możliwość odczytu i ich wydrukowania w dowolnym momencie. Podmiot musi zapewnić autentyczność pochodzenia, integralność treści i czytelność paragonów od momentu ich wystawienia do czasu upływu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego. System oznaczania dokumentów powinien pozwalać na jednoznaczne zidentyfikowanie faktury i paragonu dokumentujących tę samą transakcję oraz ich powiązanie.
Natomiast, w przypadku dokonania przez podatnika sprzedaży w sklepie internetowym zaewidencjonowanej na kasie rejestrującej umożliwiającej elektroniczną archiwizację kopii paragonów, w stosunku do której wystawiona zostanie również faktura VAT w formie elektronicznej, nie jest konieczne przechowywanie wersji papierowej paragonu fiskalnego dokumentującego tę sprzedaż i w rezultacie dopuszczalne jest jego zniszczenie (interpretacja indywidualna z 8 lutego 2022 r., znak 0112-KDIL3.4012.486.2021.1.MC).
Nie ma racjonalnych argumentów uzasadniających konieczność fizycznego wydruku paragonu fiskalnego w sytuacji, w której sprzedaż jest ujmowana w pamięci kasy rejestrującej, gromadzona w repozytorium i ponadto, w przypadku kas on-line, wysyłana do CRK, a jednocześnie klient otrzymuje fakturę elektroniczną. Jednocześnie, skoro możliwy jest w ogóle brak wydruku paragonu w postaci papierowej lub jego natychmiastowe zniszczenie, to tym samym możliwe jest zniszczenie dotychczas przechowywanych wydruków paragonów. Z tym jednak zastrzeżeniem, że podatnik posiada paragony fiskalne zapisane w postaci elektronicznej i może przyporządkować je do wystawionych faktur elektronicznych i zweryfikować niezbędne dane.