Wątpliwości dotyczą ustalenia czy dłużnik nie jest obowiązany do korekty odliczonej kwoty podatku wynikającej z faktury, w rozliczeniu za okres, w którym 90. dzień od dnia upływu terminu płatności określonego w tej fakturze, upłynął po dniu otwarcia postępowania restrukturyzacyjnego w rozumieniu ustawy z dnia 15 maja 2015 r. – Prawo restrukturyzacyjne (tj. wykonania obowiązku z art. 89b ust. 1 Ustawy VAT). Pomimo skorzystania przez wierzyciela z uprawnienia skorygowania podstawy opodatkowania oraz podatku należnego z tej faktury,  spoczywający na dłużniku obowiązek dokonania korekty podatku naliczonego na podstawie art. 89b VATU musi uwzględniać przepisy regulujące postępowanie restrukturyzacyjne, o ile zakres tego postępowania obejmuje wierzytelności (należności), których dotyczyć miałaby korekta przewidziana tym przepisem. Obowiązek dokonania przez dłużnika korekty podatku naliczonego jest oddzielony od postępowania wierzyciela.

Znowelizowane w 2021 roku przepisy regulujące instytucję „ulgi na złe długi” zobowiązują dłużnika do dokonania korekty podatku naliczonego niezależnie od faktu, czy dłużnik rozpoczął działania w ramach postępowania restrukturyzacyjnego, upadłościowego lub likwidacji. A więc regulacje nałożone na dłużnika przepisami ustawy o podatku od towarów i usług, w tym obowiązek dokonania korekty podatku naliczonego, nie ustają w chwili otwarcia postępowania układowego. Dłużnik więc jest zobowiązany do dokonania korekty odliczonej kwoty podatku naliczonego wynikającego z faktury/faktur, w rozliczeniu za okres, w którym 90. dzień od dnia upływu terminu płatności określonego w fakturze/fakturach, upłynął po dniu otwarcia postępowania restrukturyzacyjnego. Stanowisko takie zaprezentował Dyrektor KIS w interpretacji z dnia 9 czerwca 2023 r., sygn.. 0111-KDIB3-1.4012.144.2023.1.ICZ. Istotne jest tutaj to  czy na dzień poprzedzający dzień złożenia deklaracji podatkowej, w której wykazuje się tę ulgę, wierzyciel jest podatnikiem VAT czynnym oraz od daty wystawienia faktury dokumentującej wierzytelność nie upłynęły 3 lata, licząc od końca roku, w którym została wystawiona (art. 89a ust. 2 ustawy o VAT).

Zgodnie z art. 170 ust. 1 ustawy Prawo restrukturyzacyjne z dniem uprawomocnienia się postanowienia zatwierdzającego układ postępowania zabezpieczające i egzekucyjne prowadzone przeciwko dłużnikowi w celu zaspokojenia wierzytelności objętych układem ulegają umorzeniu z mocy prawa. Chodzi tu jedynie o umorzenie postępowań zabezpieczających i egzekucyjnych, a nie o umorzenie zaległości podatkowej.  W spisie wierzytelności złożonym w postępowaniu układowym wierzytelności wierzycieli są wskazane w kwocie brutto – tyle wynosi niezapłacony wobec wierzycieli dług. Dokonanie korekty po myśli art. 89b ustawy o VAT, nie wpływa na obowiązek zapłaty za fakturę VAT na rzecz wierzyciela w kwocie brutto.